Alors... Pour avoir entamé le tour de roue avant la brutale désillusion, je peux te dire ce que j'en ai vu.
Le fait qu'on puisse utiliser les skills d'autres factions était un bug, réglé maintenant : en devenant ennemi des Vistas j'ai perdu les skills acquis quand j'étais leur copain (et ils ont disparu de mon listing d'action, c'est pas juste de ma barre). Donc, on ne peut utiliser les skills de faction à la seule condition d'avoir la faction recquise, sinon on les perd.
Les mutas, j'ai pas perdu les bases acquises (les familles en fait), et les seules que j'ai développées par le biais de récompenses de quêtes (genre primal) sont toujours dans mon listing (ce qui me fait penser que j'ai pas testé si je peux m'en servir XD). J'ai l'impression que c'est acquis, mais j'en jurerais pas, je suis pas assez avancé là dessus.
On ne peut les utiliser les objets de faction que si l'on a le prérequis de faction (mais bon ça je crois que tu le sais déjà). Ce que j'ai vu me semble être du super matos de la morkitu à lvl équivalent, même comparé au craft. Les autres te confirmeront.
Pour les skills mastery, je ne me prononcerai pas, j'en sais rien. ^^